Había quedado atrás la Córdoba Omeya y los tiempos que se avecinaban eran revueltos, tumultuosos e impredecibles en al-Andalus. Los almohades se oponían al poder almorávide y surgieron como un movimiento en contra de la relajación y de la corrupción en el poder de estos.
Por el norte, los reinos cristianos presionaban a al-Andalus, y Toledo había sido tomado hacía unos años por estos reinos, por el rey cristiano.
En esos momentos, se elegían a los jueces de entre personas de alta cualificación jurídica e intachable conducta y de acomodada posición económica para evitar casos de corrupción económica.
Con respecto Averroes, su valedor ante el califa almohade, había sido una persona valiente al presentarle al sultán almohade que reinaba en Marrakech, pues tanto su padre como su abuelo habían servido a los almorávides y habían tenido cargos públicos de ellos. Corría el año 1168, cuando se produjo el encuentro con el califa, propiciado por Ibn Tufayl, que no cesó de atraerse a los sabios de todos los países procurándoles la atención, los favores y los elogios. Fue quien lo recomendó al monarca y desde ese momento se sintió conocido y apreciado.
Tenía entonces 42 años y ya era autor de varios libros. Ese encuentro resultó decisivo en sus estudios pues la conversación con el califa lo hizo interesarse más por el estudio de Aristóteles, y sus comentarios escritos sobre su obra supusieron el impulso definitivo para el estudio de los pensadores griegos antiguos. No solo para leerlos, sino para estudiarlos y comentarlos, y escribir sobre ellos sus pensamientos y argumentaciones. Ya conocía a Aristóteles, más aun, ya había escrito sobre él, y comentado algunas de sus obras, pero les dio un empuje cualitativo y definitivo tras esta entrevista con el califa.
Fue cuando el monarca almohade lo nombró Juez de Sevilla, cargo que le permitía vivir con cierto desahogo. Su amistad fue creciendo y el prestigio que allí tuvo por su competencia jurídica, y su integridad moral tuvieron un alto reconocimiento años después.
En 1182 cuando recibió del califa Abú Yakub, el doble nombramiento de médico principal de cámara de la corte almohade y juez mayor de Córdoba, cargo este último en el que sucedía a su padre y a su abuelo, y que el mismo deseaba por encima de cualquier otro.
En la primavera de 1182, enfermó el monarca y fueron llamados a Marrakech los médicos andalusíes Averroes y Abu Bakar ibn Zuhr, que lograron su recuperación. Dos años más tarde falleció el rey.
A su muerte en 1184 el califa Abu Yusuf al Mansur lo confirmó en el cargo de medico de cámara y de cadí, renovando así su máxima confianza política y personal en el filosofo cordobés.
Estaba muy interesado por encontrar una relación entre razón y religión, entre la fe y la revelación que la sostiene, pero lo más importante del periodo que inicia en 1180 son los grandes comentarios a Aristóteles.
Por otra parte iba y venía entre Córdoba y Sevilla, que era donde tenía su biblioteca, y los libros que escribía se multiplicaron. Un período de luces luminoso.
Al mismo tiempo veía que la ciencia y la filosofía eran condenadas por la intransigencia religiosa y así lo manifestaba. El cultivo de las artes, de las ciencias, y el conocimiento de la filosofía eran raíz y patrimonio de la vida social.
Ya había redactado el Epitome de Los Meteorológicos, de Aristóteles y otros epitomes de obras de lógica y filosofía. Más tarde escribió algunas obras médicas y jurídicas. Fue la opinión del califa la que lo animó a seguir comentando las obras de Aristóteles para facilitar su lectura al pueblo. Había comentado abundantemente a Aristóteles, pero también a Platón, en La República.
Un sentimiento de envidia por su posición, su valía y su elevado sentimiento anticorrupción fue creciendo, y se abrió un proceso que terminaría con el desterrado en Lucena, llegando a condenarle.
Utilizaron las armas de los mediocres y los cobardes. La maledicencia y la calumnia, las armas de los necios. Parecía que la ciencia y filosofía que tanto habían brillado en al-Andalus se habían acabado, dando paso a la injusticia.
En la filosofía política griega la timocracia era una forma de gobierno en la que los únicos que participaban en el gobierno eran los ciudadanos que poseían un determinado capital o un cierto tipo de propiedades. Fue lo que le sucedió a él.
Su defensa de lo andalusí contra los que se presentaban como bárbaros invasores más fanáticos pero menos cultos, jugó un papel importante en la condena. No eran hombres de ciencia, sino de armas los que venían del norte de África a dominar y a oscurecer el pasado andalusí.
Averroes pensaba que al-Andalus no tenía que envidiarle nada a nadie, pues habían sido acogedores de ricas y diferentes culturas, pero también habían compartido un gran patrimonio como mediterráneos. En esa cuenca habían bebido de la cultura y de la civilización que los hizo avanzar y su tierra era más parecida a la de los Griegos que a la de Irak, mezcla de árabes y de bereberes.
En la guerra en el norte de la península ibérica, las fuerzas almohades vencieron a los cristianos como sucedió en Alarcos, en junio de 1195. Fue un periodo de sombras en su vida que presagiaba tormenta.
Solo el cadí Allah al-Usufi tuvo la valentía de defenderle, ante los ataques, lo que atrajo también su condena al final, cuando todo el mundo, ulema, alfaquí, escritor o poeta lo atacó. Querían hacer leña del árbol caído. Sufrió una campaña orquestada desde el poder religioso y político.
Y es que la clase dominante no admite la crítica e intenta cortar la lengua que osa ejercerla. Así son los hombres que gobiernan. Muchas veces vemos a los reyes corromperse y transformarse en hombres tiránicos. Un ejemplo de ese tiempo era el de los almorávides que al principio imitaban al gobierno basado en las normas como bajo el reinado su reinado, pero luego cambiaron durante el reinado de su hijo, transformándose en una timocracia en la que dominaba la pasión por la riqueza. Más adelante cambió todo bajo su nieto, convirtiéndose en hedonismo, con todos los males ajenos al culto del placer.
Triste derivación del poder que conduce a la injusticia y a la tiranía y desde luego se aleja del servicio al pueblo.
Entre las acusaciones contra Averroes están las siguientes:
- Haberse dedicado a estudio de la filosofía y de las ciencias de los antiguos, es decir de los griegos.
- Salirse de la ley islámica y dar preferencia a la naturaleza.
- Insinuar que el planeta Venus era un Dios.
- Su excesiva amistad con el gobernador de Córdoba e hijo del califa.
- Llamar al califa almohade Rey de los Bereberes.
La primera y segunda condena que sufrió, revelan el espíritu inquisitorial de sus enemigos, los alfaquíes y los ulemas, conservadores que con la pretensión aparente de defender la religión intentaban de hecho hacer imposible en el islam andalusí la investigación filosófica. Pero daba la casualidad de que la principal animación de esta atención preferente a la filosofía griega y en especial a Aristóteles había salido del califa.
La referencia a Venus procedía de un comentario a la cosmología de Aristóteles sacado de contexto. El calificativo de Rey de los Bereberes derivaba de una incorrecta lectura de los signos diacríticos árabes, lo que Averroes había escrito era Rey de las Orillas o Continentes. Finalmente la acusación de amistad excesiva con el hermano del califa y gobernador cordobés pretendía sembrar la duda de una pretendida conspiración de ambos al poder central.
Pero las denuncias a su obra, se hacían cada vez más intensas e incluso un grupo de cordobeses se personaron ante el califa para acusarlo de falta de religiosidad. La miopía de los ignorantes y la intransigencia de los fanáticos que el califa en África ignoró. Se entrevistó con él en la misma Córdoba y el califa lo llenó de consideraciones y lo invitó a todas las recepciones y actos que preside.
Después de producirse la primera denuncia se dio una tregua por parte de los cordobeses. Era la lucha por el poder que inundaba Córdoba. Los sevillanos acuden en su ayuda y consiguen que el califa lo rehabilite y lo llevan a Marrakech.
La condena final de Averroes se produjo a comienzos del año 1197, después de la importante victoria sobre el rey Alfonso VIII de Castilla en la batalla de Alarcos que tuvo lugar en julio de 1195, y tras una posterior batalla por tierras de Talavera, Madrid y Toledo. Sin embargo ya antes un grupo de andalusíes de enemigos suyos, se había atrevido a viajar hasta Marrakech para denunciarlo. Existió un grupo de sus enemigos que habían extendido el rumor de que el Califa había ordenado su muerte.
El resentimiento de la oligarquía cordobesa se explicaba además de por la envidia por el ataque frontal que en sus Comentarios de la República de Platón hacían a la clase dirigente cordobesa durante el periodo almorávide.
La persecución que sufrió Averroes fue política, disfrazada de ropaje pseudo religioso. El poder demagógico existente se convirtió en tiranía, y fue condenado al destierro en Lucena. Se prohibió la enseñanza e investigación de la filosofía en el imperio almohade y se mandó quemar los libros los libros de la las ciencias de los antiguos, excepto los que trataran de medicina, matemáticas y astronomía dedicada al culto religioso.
Tuvo un respiro en Marrakech que lo conduce al final de todos los mortales. Murió en 1198. Tenía 72 años, casado con cuatro hijos. De sus hijos algunos fueron cadíes de al-Andalus.